Cell | 肾粉红色细胞癌的整合蛋白基因组学研究

肾脏细胞内癌症是世上等奖项常见的乳腺癌症之一，其里面75%为肾脏透明细胞内癌症（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）并占优势了肾脏细胞内癌症死亡的绝大部分。为了揭示ccRCC再次发生的水分子机制，TCGA对基因三组、一般说来遗传学三组、磷酸化三组来进行统计分析，解剖出新包括多种效转录局限性在内的ccRCC水分子特性。分析推测VHL基因诱发是一个普遍性起始事件真相，随后PBRM1、SETD2、KDM5C、BAP1等特异性积极参与的基因三组扭转引致疾病方面，并与洪水泛滥性特异性之外。这些分析表明除了有三病毒学评量外，可以利用水分子特性对ccRCC病人来进行国际标准分析，同时解剖出新ccRCC再次发生的特有基因三组特性。以前认为，ccRCC对传统的治疗和放疗具备抵抗主导作用，手术切除是局部的主要治疗手段。近年来，基因三组统计分析解剖出新一些细胞内渠道内源性，而且FDA批准了之外口服，但ccRCC病人对这些口服的加成非常受限。这示意主导作用于反复非常复杂，基因三组、一般说来遗传学三组、磷酸化三组的直接统计分析意味著没法同类别面地解剖出新乳腺癌症的类别以确切理论上的治疗方法，我们只能开发新的总合性统计分析手段。2019年10同月31日，来自约翰霍普金斯所学校的Hui Zhang和Daniel W. Chan、密歇根所学校的Marcin Cieslik和Alexey I. Nesvizhskii 、西奈山伊坎的所学校的Pei Wang和临床核酸三组统计分析学会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）协作在Cell时尚杂志上发表文章Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma，通过对未治疗的ccRCC和配对的癌症旁短时间有三组织结果推测来进行基因三组、一般说来遗传学三组、磷酸化三组、核酸三组、细胞内核酸三组学的总合性统计分析，推测基因三组统计分析解剖出新一个与基因三组地球磁场之外的独特水分子亚群；核酸-生物学总合性统计分析解剖出新由基因三组扭转所引致的核酸疾患，其里面包括积极参与氧化物细胞内代谢、核酸英文翻译反复和细胞内瞬时效制等的细胞；对里面病原染色质内浸润程度来进行统计分析，描绘出了四种以相同细胞内渠道为特性的病原体性ccRCC亚型。分析共约搜集110个未治疗的RCC结果推测及84个相配对的癌症旁短时间有三组织（NAT）结果推测，对同一个结果推测来进行基因三组、磷酸化三组和细胞三组学统计分析。细胞三组和细胞内细胞三组学统计分析分别解剖出新11355种细胞和42899种磷酸肽，其里面7150种细胞和20976种磷酸肽在所有样品都得到理论上性。为了确保多重重构数据的总合统计分析，对110个结果推测来进行同类别基因三组基因组、同类别外显子基因组和总RNA基因组，其里面107个来进行DNA酪氨酸统计分析，同时75个NAT结果推测来进行总RNA基因组。经过有三病毒学评量和水分子特性统计分析后，103则有ccRCC和80则有NAT结果推测的重构数据用于后续统计分析。ccRCC的生物学统计分析推测性染色体高度的扭转有：性染色体3p的臂高度局限性（93%），性染色体5q的减小（54%）、性染色体14q的局限性（42%）、性染色体7的减小（34%）、性染色体9的局限性（21%）。其里面，14个ccRCC结果推测里面推测出新广泛的拷贝数变异（CNVs），声称基因三组的高度地球磁场。而且层级高于的推测出新高度的基因三组地球磁场，这与基因三组非整倍体和临床表现不良有关的报道比如说。61%的ccRCC推测出新一种或多种易位事件真相，主要再次发生在性染色体3q位点和5号性染色体（20%）、2号（11%）和8号（7%）等。新型性染色体缩合t（3：2），即3p局限性和2q减小，与t（3：5）缩合互不轻视；性染色体倒置同时引致3q的减小和3p局限性。总之，102则有ccRCC结果推测里面都推测出新3p位点的疾患。染色质内特异性的统计分析结果推测，85%的ccRCC里面存在VHL的疾患，是最常见的特异性；PBRM1、BAP1、KDM5C、SETD2的特异性比则有计有43%、17%、18%、16%，而且遗传学性和DNA酪氨酸统计分析推测基因三组的失活引致mRNA和细胞的减小。对启动子CpG火山岛的酪氨酸来进行统计分析，根据早先报道的CpG火山岛酪氨酸特异性标志物（CIMP）来进行分类，36则有CIMP+推测出新层级高于、前期更是晚、基因三组地球磁场高于等特性。基因三组扭转尽可能通过不饱和主导作用阻碍同位点的mRNA和核酸同位素，通过衍生物主导作用阻碍其他位点。对mRNA、核酸和磷酸肽的总合统计分析，解剖出新对磷酸化高度、英文翻译高度和英文翻译后高度都有阻碍的基因三组扭转，并解剖出新与层级之外、癌症与非癌症有三组织数间差异表述的基因内源性。则有如，与PI3K-mTOR瞬时之外的SQSTM1、OSBPL3、GOLPH3出新现拷贝数变异（衍生物主导作用）；多能磷酸化遗传物质YY1（衍生物主导作用）再次发生特异性。对这些基因三组扭转来进行渠道统计分析，推测性染色体3p的局限性引致低氧瞬时、细胞内周期效制和丝氨酸的大幅提高，氧化物细胞内、羧酸代谢和TCA尿素的大幅提高有关；5q的减小引致mTORC1和MYC瞬时的大幅提高，7p的减小引致细胞英文翻译和表皮数间充质转移瞬时的大幅提高；9p局限性引致效制遗传物质CDKN2A局限性，与英文翻译起始、m TOR、MYC瞬时大幅提高有关；14q局限性引致WNT瞬时表述大幅提高，MYC瞬时、N-酪氨酸；也、IFN- γ瞬时大幅提高。其里面75%的CIMP+存在14q局限性，而且CIMP+推测出新MYC瞬时、细胞英文翻译大幅提高的不饱和主导作用，并与氧化物细胞内（OXPHOS）大幅提高和局部细菌感染减小有之外性。统计分析ccRCC癌症有三组织和非癌症有三组织的细胞表述差异，找到ccRCC里面565个细胞大幅提高，255个细胞大幅提高，其里面病原体加成、EMT、低氧、丝氨酸和mTOR瞬时在里面大幅提高，TCA尿素、羧酸代谢和OXPHOS渠道大幅提高。丝氨酸途径的细胞和m RNA 的大幅提高具备耦合性；而OXPHOS只有细胞被大幅提高，其mRNA不会扭转，表明OXPHOS的效制再次发生在英文翻译高度。通过磷酸肽的同位素统计分析，解剖出新CDK1、MAPK1（ERK2）是大多数里面2个排名最高的磷酸-官能团事件真相。与S期转回/方面（CDK7-MCM2）和G2/M检查点（WEE1-CDK1）之外的细胞内官能团在大多数里面升高；几乎所有的都大幅提高EGFR（MAPK的上游受体）的细胞和磷酸肽表述，而对VEGF受体如FLT和KDR则必需性表述。纵向统计分析所有结果推测里面磷酸肽同位素差异，解剖出新几种磷酸肽共约表述网络，包括细胞内周期和肺部主导作用于两个不发挥主导作用结构上核酸三组和磷酸化三组扭转的接口。基于病原体分三组的一般特性，并转化磷酸化三组学、核酸三组学的特性，尽可能对ccRCC来进行分型：1）CD8+炎性；2）CD8-炎性；3）VEGF病原体缺乏；4）代谢性病原体缺乏。则有如，CD8+炎性展现出新CD8+ T细胞内浸润程度高，病原体免于标记物PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4等基因表述大幅提高，14号性染色体局限性振幅较高等特性；CD8-炎性展现出新天然病原体加成的特性，DC和巨噬细胞内居多，补体和人体内级联细胞表述减小等特性。国际标准是ccRCC的重要临床表现指标，不一定和前期、不等有关。高层级里面，积极参与英文翻译、mTOR瞬时、EMT等渠道的基因在mRNA和细胞高度均大幅提高，其他细胞内渠道则在磷酸化三组和细胞三组出新现非协同性大幅提高，如细胞内周期效制和DNA修复的mRNA减小，而OXPHOS和N-酪氨酸；也的细胞减小。低层级的表现出新受体激酶、RAS、MAPK、Notch、RAP1瞬时渠道等在mRNA和细胞的减小，同时大幅提高磷酸化之外反复的细胞表述。根据的细胞三组差异将ccRCC分为3三组：ccRCC2高表述天然病原体和白血球脱颗粒之外的细胞，ccRCC3大幅提高丝氨酸、mTOR瞬时、低氧之外的细胞，ccRCC2和ccRCC3和高于的层级之外，仅ccRCC2与中期之外；ccRCC1大幅提高适应性病原体、N-酪氨酸；也、OXPHOS和羧酸代谢之外细胞，与高层级和后期有关。总的来说，分析报道了利用基因三组、一般说来遗传学三组、磷酸化三组、核酸三组、细胞内核酸三组学等多种技术手段对ccRCC来进行大规模细胞-生物学统计分析，解释了基因三组扭转对功能的阻碍，为从水分子生物化学并不一定确实必需治疗方案提供了依据。重构出新处：Did J. Clark, Sarana M. Dhanasekaran, Francesca Petralia, et al.Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.Cell, Vol. 179, Issue 4, p964?83.e31Published in issue: October 31, 2019